Народився 22 червня 1979 року в Узбекистані, у місті Самарканді. У чотирнадцять років повернувся разом із родиною в Крим. Після школи вступив у ВПТУ-26 на електрогазозварника. За спеціальністю не працював. 1998 року став підприємцем — торгував фруктами й овочами на Центральному ринку в Сімферополі. Був офіційно оформлений, сплачував оренду й податки. За понад двадцять років роботи набув безліч постійних клієнтів, які цінували Рустема за чесність. 2000 року одружився із Сурією. У них троє дітей. Рустем брав участь у громадській діяльності, допомагав організовувати дитячі свята, закуповував продукти, а потім став помічником кухаря.

«Рустем — це така людина, яка що думає, те й говорить. Сам самостійно вставав на ноги, працював, будував будинок. Мріяли добудувати і жити в ньому. У нас кожен день був святом поруч з ним», — поділилася спогадами Діляра Ібрагімова.

Із 2014 року відвідував суди, допомагав сім’ям політв’язнів, організовував передачі для незаконно заарештованих кримських татар. У 2015 році став громадянським журналістом, знімав фото і відео на телефон, висвітлював репресії щодо мусульман Криму. 27 березня 2019 року в будинку Рустема Шейхалієва відбувся обшук. Представники російських спецслужб заарештували його, інкримінуючи участь у діяльності терористичної організації (ч. 2 ст. 205.5 КК РФ). Рустему загрожує до 20 років позбавлення волі.